On ne peut pas nier que la fonction la plus notable de PerfectDisK est de défragmenter vos disques fonctionnant sous Windows. Tandis qu'un tas d'utilisateurs à travers le monde croient que la défragmentation intégrée à leurs disques Windows gère efficacement la défragmentation, il y a en fait de nombreux logiciels qui sont spécialement conçus pour ce travail : parmi eux il y a PerfectDisk.
Ce programme se débarrasse des fichiers fragmentés (une raison habituelle pour laquelle un ordinateur tend à ralentir ou à se bloquer lors de l'exécution de toutes les fonctions du système). Il est particulièrement équipé pour défragmenter au vu de sa capacité de stockage optimisée et à sa vitesse plus grande. Avec lui, l'utilisateur peut travailler automatiquement sur la déframentation des disques selon ses horaires préférés, et le plus important, cet outil a la capacité unique d'effectuer sa fonction lorsque l'ordinateur est inactif (ce qui veut dire que les risques d'être interrompu par des ralentissements inutiles du système lors du travail sont ainsi éliminés).